1908년, 구황실 및 국내유지의 협조와 미국인 와너메이커의 거액 기부로 현 서울 YMCA회관 대지에 3층 건물을 준공 하였다. 같은 해 이상재가 종교부 총무로 취임하면서 본격적으로 서양의 스포츠와 문화를 도입하는 반면에 독립투쟁의 강화를 돕는 등 활발한 움직임을 보였으나 1913년에는 일제의 탄압을 청년회 간판이 철거되었고 105인 사건의 음모로 당시 YMCA의 총무였던 질레트가 추방되고 이사장이었던 윤치호가 투옥되는 난관을 겪었다. 그러나 1938년에는 일제의 심한 탄압으로 모든 사업이 정지되었으며 회원들이 해산되고 투옥되기도 했다.

1938년에는 공산침략으로 회관이 전소되었다. 1958년부터 회관재건운동이 구체화되었고 Y이념연구, 기준헌장의 제정 등 기초사업에 착수하는 한편 각종 그룹 웍샵, 지도자훈련, 전문직 간사 양성, 체육사업, 교육사업 등을 활발히 전개해 왔다. 특히 1967년 서울YMCA회관이 완성된 이후부터는 회세가 급격히 강화되었고, 오늘날은 전국 63개 지방 YMCA에 50,000여명의 회원과 연간 23만명이 넘는 프로그램 참가자를 확보하기에 이르렀다.